En déclin depuis le XIII^e siècle, l’abbaye est dévastée en 1359, durant la Guerre de Cent Ans. En 1486, l’abbaye passe en commende : l’abbé est dorénavant nommé par le roi. Clerc ou laïc, il perçoit personnellement les revenus du monastère.

Lors de la première guerre de religion, les protestants prennent le monastère en 1562. Abbé commendataire de Fleury converti au calvinisme, Odet de Coligny parvient à limiter leurs destructions.

Légende : Odet de Coligny Portrait par François Clouet (vers 1550) © Chantilly, musée Condé, PE261 / RMN-Grand Palais.